学校や保育園など、教育及び保育を提供する施設については、その公益性に鑑み、登録免許税(登記の税)が非課税とされています。
具体的には、学校の校舎や図書館・運動場、幼稚園・保育所、認定こども園等の敷地や建物については、所轄官庁からその証明を得れば、その施設の用に供する不動産の取得にかかる登記について、登録免許税を非課税とする措置が講じられています。

非課税となる登記

不動産についての登記(たとえば、所有権の保存の登記や移転の登記、地上権、賃借権、抵当権についての登記など)をするときは、登記申請時に法務局へ登録免許税を納付する必要があります。
ただし、次の登記については、登録免許税が課税されないこととされています。

①国等が自己のために受ける登記等の非課税登記(別表第二)
沖縄振興開発金融公庫、港務局、国立大学法人、地方公共団体、地方住宅供給公社、地方道路公社、地方独立行政法人、土地開発公社、日本年金機構  など

②公共法人等が自己のために受ける非課税登記(別表第三)
外国人技能実習機構、学校法人、株式会社国際協力銀行、株式会社日本政策金融公庫
公益社団法人及び公益財団法人、社会福祉法人、宗教法人、農業共済組合及び農業共済組合連合会  など

学校法人の登記は、この②にあたります。

 

学校法人の校舎等の登記について

今回は、学校法人が校舎の新築をしたときの登記を例にとりあげます(広島県の場合)。詳しく条文を見てみましょう。

登録免許税法
第四条(公共法人等が受ける登記等の非課税)
国及び別表第二に掲げる者が自己のために受ける登記等については、登録免許税を課さない。
2 別表第三の第一欄に掲げる者が自己のために受けるそれぞれ同表の第三欄に掲げる登記等(同表の第四欄に財務省令で定める書類の添附があるものに限る旨の規定がある登記等にあつては、当該書類を添附して受けるものに限る。)については、登録免許税を課さない。

別表第一 課税範囲、課税標準及び税率の表 省略
別表第二 非課税法人の表 省略

別表第三 非課税の登記等の表

一 外国人技能実習機構 省略
一の二 学校法人(私立学校法(昭和二十四年法律第二百七十号)第六十四条第四項(専修学校及び各種学校)の規定により設立された法人を含む。)

(非課税の登記等)
一 校舎、寄宿舎、図書館その他保育又は教育上直接必要な附属建物(以下「校舎等」という。)の所有権(賃借権を含む。以下同じ。)の取得登記(権利の保存、設定、転貸又は移転の登記をいう。以下同じ。)
二 校舎等の敷地、運動場、実習用地その他の直接に保育又は教育の用に供する土地の権利(土地の所有権及び土地の上に存する権利をいう。以下同じ。)の取得登記
三 自己の設置運営する児童福祉法(昭和二十二年法律第百六十四号)第三十九条第一項(保育所)に規定する保育所(以下「保育所」という。)若しくは同法第六条の三第九項(定義)に規定する家庭的保育事業、同条第十項に規定する小規模保育事業若しくは同条第十二項に規定する事業所内保育事業(以下「家庭的保育事業等」という。)の用に供する建物の所有権の取得登記又は当該建物の敷地その他の直接に保育の用に供する土地の権利の取得登記
四 自己の設置運営する認定こども園(就学前の子どもに関する教育、保育等の総合的な提供の推進に関する法律(平成十八年法律第七十七号)第二条第六項(定義)に規定する認定こども園をいう。以下同じ。)の用に供する建物の所有権の取得登記又は当該建物の敷地その他の直接に保育若しくは教育の用に供する土地の権利の取得登記

(備考)
第三欄の第一号から第四号までのいずれかの登記に該当するものであることを証する財務省令で定める書類の添付があるものに限る。

(以下略)

必要書類

今回の場合は、建物が別表第三に定める校舎であることを、広島県知事に証明してもらい、その証明を建物の保存登記の際に添付すれば、登録免許税が非課税となります。

証明願に添付が必要な書類は、以下のとおりです。
1.権利関係を明らかにする書類
登記事項全部証明書のほか、建築確認通知書、工事請負契約書等
(この場合の登記事項証明書は、土地家屋調査士による建物表題登記後のもの)
2.図面
・位置図(現地への案内図)
・配置図(内容によっては省略可)
・平面図
・立面図(内容によっては省略可)
3.理事会議事録の謄本
4.その他知事が必要と認める書類

非課税証明を入手することで、場合によっては数百万円という税金が非課税となりますので、登記申請の際には注意が必要です。
ご参考になれば幸いです。

(参考)
広島県の私立学校に関する情報(私立学校事務の手引き)-広島県-

登録免許税法に係る証明願(Wordファイル)
私立学校事務の手引き(PDFファイル)
※登録免許税法に係る証明願に関する説明は53ページ

 

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